Конец XVI столетия. Царь Борис Годунов продолжает освоение земель к востоку от Уральских гор, отправляя на Север отряд казаков во главе с князем Шаховским. Туда же в поисках лучшей доли пробираются беглые холопы Илья и Любава. Судьба заносит их то в стан разбойников, то к побережью Белого моря, то на далекую реку Обь к берегам Ямала. И во всех скитаниях хранит их древний оберег - Варяжский крест, подаренный разбойником Вышатой.
Роман "Варяжский крест" продолжают историю, начатую романом "Дорога на Мангазею" и повествует об освоении земель северной Сибири.