Ценой невероятных усилий Таникадзэ и другим пилотам Стражей удается остановить угрожавший "Сидонии" астероид, управляемый Гауна. Тем временем ученый Отиай в теле Кунато продолжает свои эксперименты. Он забирает из лаборатории эну в облике Хосидзиро. Отиай задумал создать новое, невиданное оружие против Гауна, и для этого нужно оплодотворить яйцеклетку эны, создав гибрид человека и Гауна...