Спустя многие дни тщательной подготовки жители «Сидонии» собираются провести самую масштабную операцию по борьбе с Гауна. Таникадзэ осваивает новые экспериментальные модели Стражей, а Цумуги грезит о том, чтобы стать ближе к нему и к людям. В то же время командование «Сидонии» решает, что делать с другим гибридом, Канатой, даже не подозревая, чем все это может обернуться...