В основу книги легла кандидатская диссертация Ивана Миронова, защита которой была отменена по причине ареста молодого учёного. В настоящее время Иван Миронов заключён в тюрьму по подозрению в причастности к покушению на главу РАО ЕС Анатолия Чубайса. Адвокаты и сторонники Миронова считают этот процесс необоснованным и сугубо политическим. По их мнению, книга "Роковая сделка: как продавали Аляску" могла стать одной из причин преследования Ивана Миронова со стороны государственных структур.