Сложную композицию и внутреннюю структуру романа «Песочные часы» можно сравнить с сонатой или 6-частной фугой, где разнородные элементы, на первый взгляд, слабо связаны друг с другом, однако их чередование подчиняется строгому внутреннему ритму и замыслу автора. Роман состоит из 17-ти глав или фрагментов, формирующих внутреннее романное пространство и его хронотоп, которые читатель осваивает постепенно, подчиняясь смене темпоритма и полифонии повествования.