После того, что случилось с Тодзи, Синдзи отказывается пилотировать Евангелион и пытается уехать из Нео-Токио-3. Но нападает очередной Ангел, и подоспевший Кадзи уводит парня в убежище. Он рассказывает ему о том, какую страшную цену заплатил мужчина, чтобы выжить после Второго удара, и о смертельной угрозе, что несут человечеству Ангелы. Потрясённый услышанным, Синдзи успевает вернуться в NERV, и Ева-01 перехватывает Ангела, уже проникшего в Геофронт. Бой требует запредельных усилий, и Синдзи оказывается не в состоянии покинуть входную капсулу. После завершения операции по его спасению SEELE похищает вице-командующего Фуюцуки, чтобы выпытать у него замыслы Гэндо...

Издание включает в