В основу руководства, посвященного вопросам взаимодействия кишечной микробиоты с организмом хозяина, в данном случае человека, положена концепция системогенеза, сформулированная академиком П.К. Анохиным. Согласно указанной концепции, в формирующемся организме происходит избирательное созревание и развитие функциональных систем, и в отличие от морфогенеза - развития органов в онтогенезе - системогенез отражает развитие различных по функции и локализации структурных образований, которые не только объединяются в полноценную функциональную систему в онтогенезе, но и формируются и преобразовываются в ходе жизнедеятельности даже зрелого организма. В этом контексте авторы попытались рассмотреть мно