В магическом фэнтези чаще всего встречаются темы силы, выбора, цены дара и столкновения человека с непонятным миром. Магия в таких книгах служит не украшением сюжета, а источником конфликта: она меняет власть, судьбу героев, правила общества и сам ход истории.
Основные темы магического фэнтези обычно такие:
Часто магическое фэнтези затрагивает и смежные темы: дружбу, предательство, долг, жертву, власть, страх перед неизвестным. Если действие строится вокруг школы магии, на первый план выходят учёба, соперничество и поиск своего места. Если сюжет связан с войной или политикой, важнее становятся контроль над силой, ответственность и борьба за влияние. Поэтому в книгах Джоан Роулинг, Урсулы Ле Гуин, Анджея Сапковского и Брендона Сандерсона магия почти всегда связана не только с чудом, но и с моральным выбором, риском и ограничениями.